org.rcsb.openmms.meta
Class AllRootTrans

java.lang.Object
  |
  +--org.rcsb.openmms.meta.Trans
        |
        +--org.rcsb.openmms.meta.RootTrans
              |
              +--org.rcsb.openmms.meta.AllRootTrans

public class AllRootTrans

extends RootTrans

Generate Cif metamodel Hierarchary for the entire mmCIF dictionary

Version:

1.5

Author:

Douglas S. Greer

Field Summary

Fields inherited from class org.rcsb.openmms.meta.RootTrans

atomIndex, baseModuleName, COMPILER_IMPLEMENTS_VALUETYPES, coreModuleName, millerIndices, seqIndex, stIndexId, stVectorXYZ, unitCell, USE_VALUETYPES, vFieldAccess, vTypeName

Constructor Summary

AllRootTrans(java.lang.String modName)

Method Summary

void	do_ATOM_SITE_ANISOTROP(ModuleTrans mod)
void	do_ATOM_SITE(ModuleTrans mod)
void	do_ATOM_SITES_ALT_ENS(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_ATOM_SITES_ALT_GEN(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_ATOM_SITES_ALT(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_ATOM_SITES_FOOTNOTE(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_ATOM_SITES(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_ATOM_TYPE(ModuleTrans mod)
void	do_AUDIT_AUTHOR(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_AUDIT_CONFORM(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_AUDIT_CONTACT_AUTHOR(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_AUDIT(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_CELL_MEASUREMENT_REFLN(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_CELL_MEASUREMENT(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_CELL(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_CHEM_COMP_ANGLE(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_COMP_ATOM(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_COMP_BOND(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_COMP_CHIR_ATOM(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_COMP_CHIR(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_COMP_LINK(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_COMP_PLANE_ATOM(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_COMP_PLANE(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_COMP_TOR_VALUE(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_COMP_TOR(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_COMP(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_LINK_ANGLE(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_LINK_BOND(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_LINK_CHIR_ATOM(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_LINK_CHIR(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_LINK_PLANE_ATOM(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_LINK_PLANE(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_LINK_TOR_VALUE(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_LINK_TOR(ModuleTrans mod)
void	do_CHEM_LINK(ModuleTrans mod)
void	do_CHEMICAL_CONN_ATOM(ModuleTrans mod)
void	do_CHEMICAL_CONN_BOND(ModuleTrans mod)
void	do_CHEMICAL_FORMULA(ModuleTrans mod)
void	do_CHEMICAL(ModuleTrans mod)
void	do_CITATION_AUTHOR(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_CITATION_EDITOR(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_CITATION(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_COMPUTING(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DATABASE_2(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DATABASE_PDB_CAVEAT(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DATABASE_PDB_MATRIX(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DATABASE_PDB_REMARK(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DATABASE_PDB_REV_RECORD(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DATABASE_PDB_REV(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DATABASE_PDB_TVECT(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DATABASE(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DIFFRN_ATTENUATOR(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DIFFRN_DETECTOR(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DIFFRN_MEASUREMENT(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DIFFRN_ORIENT_MATRIX(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DIFFRN_ORIENT_REFLN(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DIFFRN_RADIATION_WAVELENGTH(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DIFFRN_RADIATION(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DIFFRN_REFLN(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DIFFRN_REFLNS(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DIFFRN_SCALE_GROUP(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DIFFRN_SOURCE(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DIFFRN_STANDARD_REFLN(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DIFFRN_STANDARDS(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_DIFFRN(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_ENTITY_KEYWORDS(ModuleTrans mod)
void	do_ENTITY_LINK(ModuleTrans mod)
void	do_ENTITY_NAME_COM(ModuleTrans mod)
void	do_ENTITY_NAME_SYS(ModuleTrans mod)
void	do_ENTITY_POLY_SEQ(ModuleTrans mod)
void	do_ENTITY_POLY(ModuleTrans mod)
void	do_ENTITY_SRC_GEN(ModuleTrans mod)
void	do_ENTITY_SRC_NAT(ModuleTrans mod)
void	do_ENTITY(ModuleTrans mod)
void	do_ENTRY_LINK(ModuleTrans mod)
void	do_EXPTL_CRYSTAL_FACE(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_EXPTL_CRYSTAL_GROW_COMP(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_EXPTL_CRYSTAL_GROW(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_EXPTL_CRYSTAL(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_EXPTL(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_GEOM_ANGLE(ModuleTrans mod)
void	do_GEOM_BOND(ModuleTrans mod)
void	do_GEOM_CONTACT(ModuleTrans mod)
void	do_GEOM_HBOND(ModuleTrans mod)
void	do_GEOM_TORSION(ModuleTrans mod)
void	do_GEOM(ModuleTrans mod)
void	do_JOURNAL_INDEX(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_JOURNAL(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING_AVERAGING(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING_ISOMORPHOUS(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING_MAD_CLUST(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING_MAD_EXPT(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING_MAD_RATIO(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING_MAD_SET(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING_MAD(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING_MIR_DER_REFLN(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING_MIR_DER_SHELL(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING_MIR_DER_SITE(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING_MIR_DER(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING_MIR_SHELL(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING_MIR(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING_SET_REFLN(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING_SET(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PHASING(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PUBL_AUTHOR(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PUBL_BODY(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PUBL_MANUSCRIPT_INCL(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_PUBL(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_REFINE_ANALYZE(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_REFINE_B_ISO(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_REFINE_HIST(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_REFINE_LS_RESTR_NCS(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_REFINE_LS_RESTR(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_REFINE_LS_SHELL(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_REFINE_OCCUPANCY(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_REFINE(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_REFLN(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_REFLNS_SCALE(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_REFLNS_SHELL(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_REFLNS(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_SOFTWARE(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_STRUCT_ASYM(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_BIOL_GEN(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_BIOL_KEYWORDS(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_BIOL_VIEW(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_BIOL(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_CONF_TYPE(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_CONF(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_CONN_TYPE(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_CONN(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_KEYWORDS(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_MON_DETAILS(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_MON_NUCL(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_MON_PROT_CIS(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_MON_PROT(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_NCS_DOM_LIM(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_NCS_DOM(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_NCS_ENS_GEN(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_NCS_ENS(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_NCS_OPER(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_REF_SEQ_DIF(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_REF_SEQ(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_REF(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_SHEET_HBOND(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_SHEET_ORDER(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_SHEET_RANGE(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_SHEET_TOPOLOGY(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_SHEET(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_SITE_GEN(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_SITE_KEYWORDS(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_SITE_VIEW(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT_SITE(ModuleTrans mod)
void	do_STRUCT(ModuleTrans mod)
void	do_SYMMETRY_EQUIV(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	do_SYMMETRY(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doAtomSite(ModuleTrans mod)
void	doAtomSites(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doAtomType(ModuleTrans mod)
void	doAudit(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doCell(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doChemComp(ModuleTrans mod)
void	doChemical(ModuleTrans mod)
void	doChemLink(ModuleTrans mod)
void	doCitation(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doComputing(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doCoreModDefs(ModuleTrans cmod)
void	doDatabase(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doDepoModDefs(ModuleTrans mod)
void	doDiffrn(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doEntity(ModuleTrans mod)
void	doEntryLink(ModuleTrans mod)
void	doExptl(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doGeom(ModuleTrans mod)
void	doJournal(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doNmrModDefs(ModuleTrans mod)
void	doPhasing(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doPubl(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doReferModDefs(ModuleTrans mod)
void	doRefine(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doRefln(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doSoftware(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doStruct(ModuleTrans mod)
void	doSymmetry(ModuleTrans mod, ModuleTrans[] modQual)
void	doXRayModDefs(ModuleTrans mod)
java.lang.String	getModelIdentifier()
java.lang.String	getRevisionNumber()

Methods inherited from class org.rcsb.openmms.meta.RootTrans

accept, createIdlFile, defaultContainer, defaultContainer, defaultContainer, defaultContainer, defaultContainer, doEntry, doExceptions, doFlags, doMMSServer, doNmrTypeDefs, doOpening, doTypeDefs, doXRayTypeDefs, finIdlFile, init

Methods inherited from class org.rcsb.openmms.meta.Trans

add, convertToFlagName, convertToUnderbar, getBlankLines, getChild, getComment, getName, getTransType, numberOfChildren, replace, setBlankLines, setComment, setTransType

Methods inherited from class java.lang.Object

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

Constructor Detail

AllRootTrans

public AllRootTrans(java.lang.String modName)

Method Detail

getModelIdentifier

public java.lang.String getModelIdentifier()

Specified by:

getModelIdentifier in class RootTrans

getRevisionNumber

public java.lang.String getRevisionNumber()

Specified by:

getRevisionNumber in class RootTrans

doCoreModDefs

public void doCoreModDefs(ModuleTrans cmod)

Specified by:

doCoreModDefs in class RootTrans

doXRayModDefs

public void doXRayModDefs(ModuleTrans mod)

Specified by:

doXRayModDefs in class RootTrans

doNmrModDefs

public void doNmrModDefs(ModuleTrans mod)

Specified by:

doNmrModDefs in class RootTrans

doReferModDefs

public void doReferModDefs(ModuleTrans mod)

Specified by:

doReferModDefs in class RootTrans

doDepoModDefs

public void doDepoModDefs(ModuleTrans mod)

Specified by:

doDepoModDefs in class RootTrans

doAtomSite

public void doAtomSite(ModuleTrans mod)

doAtomSites

public void doAtomSites(ModuleTrans mod,
                        ModuleTrans[] modQual)

doAtomType

public void doAtomType(ModuleTrans mod)

doAudit

public void doAudit(ModuleTrans mod,
                    ModuleTrans[] modQual)

doCell

public void doCell(ModuleTrans mod,
                   ModuleTrans[] modQual)

doChemComp

public void doChemComp(ModuleTrans mod)

doChemLink

public void doChemLink(ModuleTrans mod)

doChemical

public void doChemical(ModuleTrans mod)

doCitation

public void doCitation(ModuleTrans mod,
                       ModuleTrans[] modQual)

doComputing

public void doComputing(ModuleTrans mod,
                        ModuleTrans[] modQual)

doDatabase

public void doDatabase(ModuleTrans mod,
                       ModuleTrans[] modQual)

doDiffrn

public void doDiffrn(ModuleTrans mod,
                     ModuleTrans[] modQual)

doEntity

public void doEntity(ModuleTrans mod)

doEntryLink

public void doEntryLink(ModuleTrans mod)

doExptl

public void doExptl(ModuleTrans mod,
                    ModuleTrans[] modQual)

doGeom

public void doGeom(ModuleTrans mod)

doJournal

public void doJournal(ModuleTrans mod,
                      ModuleTrans[] modQual)

doPhasing

public void doPhasing(ModuleTrans mod,
                      ModuleTrans[] modQual)

doPubl

public void doPubl(ModuleTrans mod,
                   ModuleTrans[] modQual)

doRefine

public void doRefine(ModuleTrans mod,
                     ModuleTrans[] modQual)

doRefln

public void doRefln(ModuleTrans mod,
                    ModuleTrans[] modQual)

doSoftware

public void doSoftware(ModuleTrans mod,
                       ModuleTrans[] modQual)

doStruct

public void doStruct(ModuleTrans mod)

doSymmetry

public void doSymmetry(ModuleTrans mod,
                       ModuleTrans[] modQual)

do_ATOM_SITE

public void do_ATOM_SITE(ModuleTrans mod)

do_ATOM_SITE_ANISOTROP

public void do_ATOM_SITE_ANISOTROP(ModuleTrans mod)

do_ATOM_SITES

public void do_ATOM_SITES(ModuleTrans mod,
                          ModuleTrans[] modQual)

do_ATOM_SITES_ALT

public void do_ATOM_SITES_ALT(ModuleTrans mod,
                              ModuleTrans[] modQual)

do_ATOM_SITES_ALT_ENS

public void do_ATOM_SITES_ALT_ENS(ModuleTrans mod,
                                  ModuleTrans[] modQual)

do_ATOM_SITES_ALT_GEN

public void do_ATOM_SITES_ALT_GEN(ModuleTrans mod,
                                  ModuleTrans[] modQual)

do_ATOM_SITES_FOOTNOTE

public void do_ATOM_SITES_FOOTNOTE(ModuleTrans mod,
                                   ModuleTrans[] modQual)

do_ATOM_TYPE

public void do_ATOM_TYPE(ModuleTrans mod)

do_AUDIT

public void do_AUDIT(ModuleTrans mod,
                     ModuleTrans[] modQual)

do_AUDIT_AUTHOR

public void do_AUDIT_AUTHOR(ModuleTrans mod,
                            ModuleTrans[] modQual)

do_AUDIT_CONFORM

public void do_AUDIT_CONFORM(ModuleTrans mod,
                             ModuleTrans[] modQual)

do_AUDIT_CONTACT_AUTHOR

public void do_AUDIT_CONTACT_AUTHOR(ModuleTrans mod,
                                    ModuleTrans[] modQual)

do_CELL

public void do_CELL(ModuleTrans mod,
                    ModuleTrans[] modQual)

do_CELL_MEASUREMENT

public void do_CELL_MEASUREMENT(ModuleTrans mod,
                                ModuleTrans[] modQual)

do_CELL_MEASUREMENT_REFLN

public void do_CELL_MEASUREMENT_REFLN(ModuleTrans mod,
                                      ModuleTrans[] modQual)

do_CHEM_COMP

public void do_CHEM_COMP(ModuleTrans mod)

do_CHEM_COMP_ANGLE

public void do_CHEM_COMP_ANGLE(ModuleTrans mod)

do_CHEM_COMP_ATOM

public void do_CHEM_COMP_ATOM(ModuleTrans mod)

do_CHEM_COMP_BOND

public void do_CHEM_COMP_BOND(ModuleTrans mod)

do_CHEM_COMP_CHIR

public void do_CHEM_COMP_CHIR(ModuleTrans mod)

do_CHEM_COMP_CHIR_ATOM

public void do_CHEM_COMP_CHIR_ATOM(ModuleTrans mod)

do_CHEM_COMP_LINK

public void do_CHEM_COMP_LINK(ModuleTrans mod)

do_CHEM_COMP_PLANE

public void do_CHEM_COMP_PLANE(ModuleTrans mod)

do_CHEM_COMP_PLANE_ATOM

public void do_CHEM_COMP_PLANE_ATOM(ModuleTrans mod)

do_CHEM_COMP_TOR

public void do_CHEM_COMP_TOR(ModuleTrans mod)

do_CHEM_COMP_TOR_VALUE

public void do_CHEM_COMP_TOR_VALUE(ModuleTrans mod)

do_CHEM_LINK

public void do_CHEM_LINK(ModuleTrans mod)

do_CHEM_LINK_ANGLE

public void do_CHEM_LINK_ANGLE(ModuleTrans mod)

do_CHEM_LINK_BOND

public void do_CHEM_LINK_BOND(ModuleTrans mod)

do_CHEM_LINK_CHIR

public void do_CHEM_LINK_CHIR(ModuleTrans mod)

do_CHEM_LINK_CHIR_ATOM

public void do_CHEM_LINK_CHIR_ATOM(ModuleTrans mod)

do_CHEM_LINK_PLANE

public void do_CHEM_LINK_PLANE(ModuleTrans mod)

do_CHEM_LINK_PLANE_ATOM

public void do_CHEM_LINK_PLANE_ATOM(ModuleTrans mod)

do_CHEM_LINK_TOR

public void do_CHEM_LINK_TOR(ModuleTrans mod)

do_CHEM_LINK_TOR_VALUE

public void do_CHEM_LINK_TOR_VALUE(ModuleTrans mod)

do_CHEMICAL

public void do_CHEMICAL(ModuleTrans mod)

do_CHEMICAL_CONN_ATOM

public void do_CHEMICAL_CONN_ATOM(ModuleTrans mod)

do_CHEMICAL_CONN_BOND

public void do_CHEMICAL_CONN_BOND(ModuleTrans mod)

do_CHEMICAL_FORMULA

public void do_CHEMICAL_FORMULA(ModuleTrans mod)

do_CITATION

public void do_CITATION(ModuleTrans mod,
                        ModuleTrans[] modQual)

do_CITATION_AUTHOR

public void do_CITATION_AUTHOR(ModuleTrans mod,
                               ModuleTrans[] modQual)

do_CITATION_EDITOR

public void do_CITATION_EDITOR(ModuleTrans mod,
                               ModuleTrans[] modQual)

do_COMPUTING

public void do_COMPUTING(ModuleTrans mod,
                         ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE

public void do_DATABASE(ModuleTrans mod,
                        ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE_2

public void do_DATABASE_2(ModuleTrans mod,
                          ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE_PDB_CAVEAT

public void do_DATABASE_PDB_CAVEAT(ModuleTrans mod,
                                   ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE_PDB_MATRIX

public void do_DATABASE_PDB_MATRIX(ModuleTrans mod,
                                   ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE_PDB_REMARK

public void do_DATABASE_PDB_REMARK(ModuleTrans mod,
                                   ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE_PDB_REV

public void do_DATABASE_PDB_REV(ModuleTrans mod,
                                ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE_PDB_REV_RECORD

public void do_DATABASE_PDB_REV_RECORD(ModuleTrans mod,
                                       ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE_PDB_TVECT

public void do_DATABASE_PDB_TVECT(ModuleTrans mod,
                                  ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN

public void do_DIFFRN(ModuleTrans mod,
                      ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_ATTENUATOR

public void do_DIFFRN_ATTENUATOR(ModuleTrans mod,
                                 ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_DETECTOR

public void do_DIFFRN_DETECTOR(ModuleTrans mod,
                               ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_MEASUREMENT

public void do_DIFFRN_MEASUREMENT(ModuleTrans mod,
                                  ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_ORIENT_MATRIX

public void do_DIFFRN_ORIENT_MATRIX(ModuleTrans mod,
                                    ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_ORIENT_REFLN

public void do_DIFFRN_ORIENT_REFLN(ModuleTrans mod,
                                   ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_RADIATION

public void do_DIFFRN_RADIATION(ModuleTrans mod,
                                ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_RADIATION_WAVELENGTH

public void do_DIFFRN_RADIATION_WAVELENGTH(ModuleTrans mod,
                                           ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_REFLN

public void do_DIFFRN_REFLN(ModuleTrans mod,
                            ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_REFLNS

public void do_DIFFRN_REFLNS(ModuleTrans mod,
                             ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_SCALE_GROUP

public void do_DIFFRN_SCALE_GROUP(ModuleTrans mod,
                                  ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_SOURCE

public void do_DIFFRN_SOURCE(ModuleTrans mod,
                             ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_STANDARD_REFLN

public void do_DIFFRN_STANDARD_REFLN(ModuleTrans mod,
                                     ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_STANDARDS

public void do_DIFFRN_STANDARDS(ModuleTrans mod,
                                ModuleTrans[] modQual)

do_ENTITY

public void do_ENTITY(ModuleTrans mod)

do_ENTITY_KEYWORDS

public void do_ENTITY_KEYWORDS(ModuleTrans mod)

do_ENTITY_LINK

public void do_ENTITY_LINK(ModuleTrans mod)

do_ENTITY_NAME_COM

public void do_ENTITY_NAME_COM(ModuleTrans mod)

do_ENTITY_NAME_SYS

public void do_ENTITY_NAME_SYS(ModuleTrans mod)

do_ENTITY_POLY

public void do_ENTITY_POLY(ModuleTrans mod)

do_ENTITY_POLY_SEQ

public void do_ENTITY_POLY_SEQ(ModuleTrans mod)

do_ENTITY_SRC_GEN

public void do_ENTITY_SRC_GEN(ModuleTrans mod)

do_ENTITY_SRC_NAT

public void do_ENTITY_SRC_NAT(ModuleTrans mod)

do_ENTRY_LINK

public void do_ENTRY_LINK(ModuleTrans mod)

do_EXPTL

public void do_EXPTL(ModuleTrans mod,
                     ModuleTrans[] modQual)

do_EXPTL_CRYSTAL

public void do_EXPTL_CRYSTAL(ModuleTrans mod,
                             ModuleTrans[] modQual)

do_EXPTL_CRYSTAL_FACE

public void do_EXPTL_CRYSTAL_FACE(ModuleTrans mod,
                                  ModuleTrans[] modQual)

do_EXPTL_CRYSTAL_GROW

public void do_EXPTL_CRYSTAL_GROW(ModuleTrans mod,
                                  ModuleTrans[] modQual)

do_EXPTL_CRYSTAL_GROW_COMP

public void do_EXPTL_CRYSTAL_GROW_COMP(ModuleTrans mod,
                                       ModuleTrans[] modQual)

do_GEOM

public void do_GEOM(ModuleTrans mod)

do_GEOM_ANGLE

public void do_GEOM_ANGLE(ModuleTrans mod)

do_GEOM_BOND

public void do_GEOM_BOND(ModuleTrans mod)

do_GEOM_CONTACT

public void do_GEOM_CONTACT(ModuleTrans mod)

do_GEOM_HBOND

public void do_GEOM_HBOND(ModuleTrans mod)

do_GEOM_TORSION

public void do_GEOM_TORSION(ModuleTrans mod)

do_JOURNAL

public void do_JOURNAL(ModuleTrans mod,
                       ModuleTrans[] modQual)

do_JOURNAL_INDEX

public void do_JOURNAL_INDEX(ModuleTrans mod,
                             ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING

public void do_PHASING(ModuleTrans mod,
                       ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_AVERAGING

public void do_PHASING_AVERAGING(ModuleTrans mod,
                                 ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_ISOMORPHOUS

public void do_PHASING_ISOMORPHOUS(ModuleTrans mod,
                                   ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MAD

public void do_PHASING_MAD(ModuleTrans mod,
                           ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MAD_CLUST

public void do_PHASING_MAD_CLUST(ModuleTrans mod,
                                 ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MAD_EXPT

public void do_PHASING_MAD_EXPT(ModuleTrans mod,
                                ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MAD_RATIO

public void do_PHASING_MAD_RATIO(ModuleTrans mod,
                                 ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MAD_SET

public void do_PHASING_MAD_SET(ModuleTrans mod,
                               ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MIR

public void do_PHASING_MIR(ModuleTrans mod,
                           ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MIR_DER

public void do_PHASING_MIR_DER(ModuleTrans mod,
                               ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MIR_DER_REFLN

public void do_PHASING_MIR_DER_REFLN(ModuleTrans mod,
                                     ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MIR_DER_SHELL

public void do_PHASING_MIR_DER_SHELL(ModuleTrans mod,
                                     ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MIR_DER_SITE

public void do_PHASING_MIR_DER_SITE(ModuleTrans mod,
                                    ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MIR_SHELL

public void do_PHASING_MIR_SHELL(ModuleTrans mod,
                                 ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_SET

public void do_PHASING_SET(ModuleTrans mod,
                           ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_SET_REFLN

public void do_PHASING_SET_REFLN(ModuleTrans mod,
                                 ModuleTrans[] modQual)

do_PUBL

public void do_PUBL(ModuleTrans mod,
                    ModuleTrans[] modQual)

do_PUBL_AUTHOR

public void do_PUBL_AUTHOR(ModuleTrans mod,
                           ModuleTrans[] modQual)

do_PUBL_BODY

public void do_PUBL_BODY(ModuleTrans mod,
                         ModuleTrans[] modQual)

do_PUBL_MANUSCRIPT_INCL

public void do_PUBL_MANUSCRIPT_INCL(ModuleTrans mod,
                                    ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE

public void do_REFINE(ModuleTrans mod,
                      ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE_ANALYZE

public void do_REFINE_ANALYZE(ModuleTrans mod,
                              ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE_B_ISO

public void do_REFINE_B_ISO(ModuleTrans mod,
                            ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE_HIST

public void do_REFINE_HIST(ModuleTrans mod,
                           ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE_LS_RESTR

public void do_REFINE_LS_RESTR(ModuleTrans mod,
                               ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE_LS_RESTR_NCS

public void do_REFINE_LS_RESTR_NCS(ModuleTrans mod,
                                   ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE_LS_SHELL

public void do_REFINE_LS_SHELL(ModuleTrans mod,
                               ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE_OCCUPANCY

public void do_REFINE_OCCUPANCY(ModuleTrans mod,
                                ModuleTrans[] modQual)

do_REFLN

public void do_REFLN(ModuleTrans mod,
                     ModuleTrans[] modQual)

do_REFLNS

public void do_REFLNS(ModuleTrans mod,
                      ModuleTrans[] modQual)

do_REFLNS_SCALE

public void do_REFLNS_SCALE(ModuleTrans mod,
                            ModuleTrans[] modQual)

do_REFLNS_SHELL

public void do_REFLNS_SHELL(ModuleTrans mod,
                            ModuleTrans[] modQual)

do_SOFTWARE

public void do_SOFTWARE(ModuleTrans mod,
                        ModuleTrans[] modQual)

do_STRUCT

public void do_STRUCT(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_ASYM

public void do_STRUCT_ASYM(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_BIOL

public void do_STRUCT_BIOL(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_BIOL_GEN

public void do_STRUCT_BIOL_GEN(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_BIOL_KEYWORDS

public void do_STRUCT_BIOL_KEYWORDS(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_BIOL_VIEW

public void do_STRUCT_BIOL_VIEW(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_CONF

public void do_STRUCT_CONF(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_CONF_TYPE

public void do_STRUCT_CONF_TYPE(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_CONN

public void do_STRUCT_CONN(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_CONN_TYPE

public void do_STRUCT_CONN_TYPE(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_KEYWORDS

public void do_STRUCT_KEYWORDS(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_MON_DETAILS

public void do_STRUCT_MON_DETAILS(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_MON_NUCL

public void do_STRUCT_MON_NUCL(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_MON_PROT

public void do_STRUCT_MON_PROT(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_MON_PROT_CIS

public void do_STRUCT_MON_PROT_CIS(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_NCS_DOM

public void do_STRUCT_NCS_DOM(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_NCS_DOM_LIM

public void do_STRUCT_NCS_DOM_LIM(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_NCS_ENS

public void do_STRUCT_NCS_ENS(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_NCS_ENS_GEN

public void do_STRUCT_NCS_ENS_GEN(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_NCS_OPER

public void do_STRUCT_NCS_OPER(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_REF

public void do_STRUCT_REF(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_REF_SEQ

public void do_STRUCT_REF_SEQ(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_REF_SEQ_DIF

public void do_STRUCT_REF_SEQ_DIF(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_SHEET

public void do_STRUCT_SHEET(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_SHEET_HBOND

public void do_STRUCT_SHEET_HBOND(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_SHEET_ORDER

public void do_STRUCT_SHEET_ORDER(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_SHEET_RANGE

public void do_STRUCT_SHEET_RANGE(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_SHEET_TOPOLOGY

public void do_STRUCT_SHEET_TOPOLOGY(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_SITE

public void do_STRUCT_SITE(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_SITE_GEN

public void do_STRUCT_SITE_GEN(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_SITE_KEYWORDS

public void do_STRUCT_SITE_KEYWORDS(ModuleTrans mod)

do_STRUCT_SITE_VIEW

public void do_STRUCT_SITE_VIEW(ModuleTrans mod)

do_SYMMETRY

public void do_SYMMETRY(ModuleTrans mod,
                        ModuleTrans[] modQual)

do_SYMMETRY_EQUIV

public void do_SYMMETRY_EQUIV(ModuleTrans mod,
                              ModuleTrans[] modQual)