LsrRootTrans (OpenMMS; V1.5.1 ; Std Model

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OpenMMS
V1.5.1 Std

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FRAMES NO FRAMES

SUMMARY: NESTED | FIELD | CONSTR | METHOD

DETAIL: FIELD | CONSTR | METHOD

org.rcsb.openmms.meta
Class LsrRootTrans

java.lang.Object
  |
  +--org.rcsb.openmms.meta.Trans
        |
        +--org.rcsb.openmms.meta.RootTrans
              |
              +--org.rcsb.openmms.meta.LsrRootTrans

public class LsrRootTrans
extends RootTrans

Generate Standard (OMG LSR/1.0) Cif to Idl Translation Hierarchary

Version:: 1.3
Author:: Douglas S. Greer

Constructor Detail

LsrRootTrans

public LsrRootTrans(java.lang.String modName)

Method Detail

getModelIdentifier

public java.lang.String getModelIdentifier()

Specified by:: getModelIdentifier in class RootTrans

getRevisionNumber

public java.lang.String getRevisionNumber()

Specified by:: getRevisionNumber in class RootTrans

doCoreModDefs

public void doCoreModDefs(ModuleTrans cmod)

Specified by:: doCoreModDefs in class RootTrans

doReferModDefs

public void doReferModDefs(ModuleTrans mod)

Specified by:: doReferModDefs in class RootTrans

doDepoModDefs

public void doDepoModDefs(ModuleTrans mod)

Specified by:: doDepoModDefs in class RootTrans

doDeposition

public void doDeposition(ModuleTrans cmod,
                         ModuleTrans[] modQual)

doXRayModDefs

public void doXRayModDefs(ModuleTrans mod)

Specified by:: doXRayModDefs in class RootTrans

doNmrModDefs

public void doNmrModDefs(ModuleTrans mod)

Specified by:: doNmrModDefs in class RootTrans

doAtomSite

public void doAtomSite(ModuleTrans cmod)

doAtomSites

public void doAtomSites(ModuleTrans cmod,
                        ModuleTrans[] modQual)

doAtomType

public void doAtomType(ModuleTrans cmod)

doAudit

public void doAudit(ModuleTrans cmod,
                    ModuleTrans[] modQual)

doCell

public void doCell(ModuleTrans cmod,
                   ModuleTrans[] modQual)

doChemComp

public void doChemComp(ModuleTrans cmod)

doChemLink

public void doChemLink(ModuleTrans cmod)

doCitation

public void doCitation(ModuleTrans cmod,
                       ModuleTrans[] modQual)

doComputing

public void doComputing(ModuleTrans cmod,
                        ModuleTrans[] modQual)

doDatabase

public void doDatabase(ModuleTrans cmod,
                       ModuleTrans[] modQual)

doDiffrn

public void doDiffrn(ModuleTrans cmod,
                     ModuleTrans[] modQual)

doEntity

public void doEntity(ModuleTrans cmod)

doEntryLink

public void doEntryLink(ModuleTrans cmod)

doExptl

public void doExptl(ModuleTrans cmod,
                    ModuleTrans[] modQual)

doGeom

public void doGeom(ModuleTrans cmod)

doJournal

public void doJournal(ModuleTrans cmod,
                      ModuleTrans[] modQual)

doPhasing

public void doPhasing(ModuleTrans cmod,
                      ModuleTrans[] modQual)

doPubl

public void doPubl(ModuleTrans cmod,
                   ModuleTrans[] modQual)

doRefine

public void doRefine(ModuleTrans cmod,
                     ModuleTrans[] modQual)

doRefln

public void doRefln(ModuleTrans cmod,
                    ModuleTrans[] modQual)

doSoftware

public void doSoftware(ModuleTrans cmod,
                       ModuleTrans[] modQual)

doStruct

public void doStruct(ModuleTrans cmod)

doSymmetry

public void doSymmetry(ModuleTrans cmod,
                       ModuleTrans[] modQual)

do_ATOM_SITE

public void do_ATOM_SITE(ModuleTrans cmod)

do_ATOM_SITE_ANISOTROP

public void do_ATOM_SITE_ANISOTROP(ModuleTrans cmod)

do_ATOM_SITES

public void do_ATOM_SITES(ModuleTrans cmod,
                          ModuleTrans[] modQual)

do_ATOM_SITES_ALT

public void do_ATOM_SITES_ALT(ModuleTrans cmod,
                              ModuleTrans[] modQual)

do_ATOM_SITES_ALT_ENS

public void do_ATOM_SITES_ALT_ENS(ModuleTrans cmod,
                                  ModuleTrans[] modQual)

do_ATOM_SITES_ALT_GEN

public void do_ATOM_SITES_ALT_GEN(ModuleTrans cmod,
                                  ModuleTrans[] modQual)

do_ATOM_SITES_FOOTNOTE

public void do_ATOM_SITES_FOOTNOTE(ModuleTrans cmod,
                                   ModuleTrans[] modQual)

do_ATOM_TYPE

public void do_ATOM_TYPE(ModuleTrans cmod)

do_AUDIT

public void do_AUDIT(ModuleTrans cmod,
                     ModuleTrans[] modQual)

do_AUDIT_AUTHOR

public void do_AUDIT_AUTHOR(ModuleTrans cmod,
                            ModuleTrans[] modQual)

do_AUDIT_CONFORM

public void do_AUDIT_CONFORM(ModuleTrans cmod,
                             ModuleTrans[] modQual)

do_AUDIT_CONTACT_AUTHOR

public void do_AUDIT_CONTACT_AUTHOR(ModuleTrans cmod,
                                    ModuleTrans[] modQual)

do_CELL

public void do_CELL(ModuleTrans cmod,
                    ModuleTrans[] modQual)

do_CELL_MEASUREMENT

public void do_CELL_MEASUREMENT(ModuleTrans cmod,
                                ModuleTrans[] modQual)

do_CELL_MEASUREMENT_REFLN

public void do_CELL_MEASUREMENT_REFLN(ModuleTrans cmod,
                                      ModuleTrans[] modQual)

do_CHEM_COMP

public void do_CHEM_COMP(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_COMP_ANGLE

public void do_CHEM_COMP_ANGLE(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_COMP_ATOM

public void do_CHEM_COMP_ATOM(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_COMP_BOND

public void do_CHEM_COMP_BOND(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_COMP_CHIR

public void do_CHEM_COMP_CHIR(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_COMP_CHIR_ATOM

public void do_CHEM_COMP_CHIR_ATOM(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_COMP_LINK

public void do_CHEM_COMP_LINK(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_COMP_PLANE

public void do_CHEM_COMP_PLANE(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_COMP_PLANE_ATOM

public void do_CHEM_COMP_PLANE_ATOM(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_COMP_TOR

public void do_CHEM_COMP_TOR(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_COMP_TOR_VALUE

public void do_CHEM_COMP_TOR_VALUE(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_LINK

public void do_CHEM_LINK(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_LINK_ANGLE

public void do_CHEM_LINK_ANGLE(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_LINK_BOND

public void do_CHEM_LINK_BOND(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_LINK_CHIR

public void do_CHEM_LINK_CHIR(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_LINK_CHIR_ATOM

public void do_CHEM_LINK_CHIR_ATOM(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_LINK_PLANE

public void do_CHEM_LINK_PLANE(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_LINK_PLANE_ATOM

public void do_CHEM_LINK_PLANE_ATOM(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_LINK_TOR

public void do_CHEM_LINK_TOR(ModuleTrans cmod)

do_CHEM_LINK_TOR_VALUE

public void do_CHEM_LINK_TOR_VALUE(ModuleTrans cmod)

do_CITATION

public void do_CITATION(ModuleTrans cmod,
                        ModuleTrans[] modQual)

do_CITATION_AUTHOR

public void do_CITATION_AUTHOR(ModuleTrans cmod,
                               ModuleTrans[] modQual)

do_CITATION_EDITOR

public void do_CITATION_EDITOR(ModuleTrans cmod,
                               ModuleTrans[] modQual)

do_COMPUTING

public void do_COMPUTING(ModuleTrans cmod,
                         ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE

public void do_DATABASE(ModuleTrans cmod,
                        ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE_2

public void do_DATABASE_2(ModuleTrans cmod,
                          ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE_PDB_CAVEAT

public void do_DATABASE_PDB_CAVEAT(ModuleTrans cmod,
                                   ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE_PDB_MATRIX

public void do_DATABASE_PDB_MATRIX(ModuleTrans cmod,
                                   ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE_PDB_REMARK

public void do_DATABASE_PDB_REMARK(ModuleTrans cmod,
                                   ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE_PDB_REV

public void do_DATABASE_PDB_REV(ModuleTrans cmod,
                                ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE_PDB_REV_RECORD

public void do_DATABASE_PDB_REV_RECORD(ModuleTrans cmod,
                                       ModuleTrans[] modQual)

do_DATABASE_PDB_TVECT

public void do_DATABASE_PDB_TVECT(ModuleTrans cmod,
                                  ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN

public void do_DIFFRN(ModuleTrans cmod,
                      ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_ATTENUATOR

public void do_DIFFRN_ATTENUATOR(ModuleTrans cmod,
                                 ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_DETECTOR

public void do_DIFFRN_DETECTOR(ModuleTrans cmod,
                               ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_MEASUREMENT

public void do_DIFFRN_MEASUREMENT(ModuleTrans cmod,
                                  ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_ORIENT_MATRIX

public void do_DIFFRN_ORIENT_MATRIX(ModuleTrans cmod,
                                    ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_ORIENT_REFLN

public void do_DIFFRN_ORIENT_REFLN(ModuleTrans cmod,
                                   ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_RADIATION

public void do_DIFFRN_RADIATION(ModuleTrans cmod,
                                ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_RADIATION_WAVELENGTH

public void do_DIFFRN_RADIATION_WAVELENGTH(ModuleTrans cmod,
                                           ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_REFLN

public void do_DIFFRN_REFLN(ModuleTrans cmod,
                            ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_REFLNS

public void do_DIFFRN_REFLNS(ModuleTrans cmod,
                             ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_SCALE_GROUP

public void do_DIFFRN_SCALE_GROUP(ModuleTrans cmod,
                                  ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_SOURCE

public void do_DIFFRN_SOURCE(ModuleTrans cmod,
                             ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_STANDARD_REFLN

public void do_DIFFRN_STANDARD_REFLN(ModuleTrans cmod,
                                     ModuleTrans[] modQual)

do_DIFFRN_STANDARDS

public void do_DIFFRN_STANDARDS(ModuleTrans cmod,
                                ModuleTrans[] modQual)

do_ENTITY

public void do_ENTITY(ModuleTrans cmod)

do_ENTITY_KEYWORDS

public void do_ENTITY_KEYWORDS(ModuleTrans cmod)

do_ENTITY_LINK

public void do_ENTITY_LINK(ModuleTrans cmod)

do_ENTITY_NAME_COM

public void do_ENTITY_NAME_COM(ModuleTrans cmod)

do_ENTITY_NAME_SYS

public void do_ENTITY_NAME_SYS(ModuleTrans cmod)

do_ENTITY_POLY

public void do_ENTITY_POLY(ModuleTrans cmod)

do_ENTITY_POLY_SEQ

public void do_ENTITY_POLY_SEQ(ModuleTrans cmod)

do_ENTITY_SRC_GEN

public void do_ENTITY_SRC_GEN(ModuleTrans cmod)

do_ENTITY_SRC_NAT

public void do_ENTITY_SRC_NAT(ModuleTrans cmod)

do_ENTRY_LINK

public void do_ENTRY_LINK(ModuleTrans cmod)

do_EXPTL

public void do_EXPTL(ModuleTrans cmod,
                     ModuleTrans[] modQual)

do_EXPTL_CRYSTAL

public void do_EXPTL_CRYSTAL(ModuleTrans cmod,
                             ModuleTrans[] modQual)

do_EXPTL_CRYSTAL_FACE

public void do_EXPTL_CRYSTAL_FACE(ModuleTrans cmod,
                                  ModuleTrans[] modQual)

do_EXPTL_CRYSTAL_GROW

public void do_EXPTL_CRYSTAL_GROW(ModuleTrans cmod,
                                  ModuleTrans[] modQual)

do_EXPTL_CRYSTAL_GROW_COMP

public void do_EXPTL_CRYSTAL_GROW_COMP(ModuleTrans cmod,
                                       ModuleTrans[] modQual)

do_GEOM

public void do_GEOM(ModuleTrans cmod)

do_GEOM_ANGLE

public void do_GEOM_ANGLE(ModuleTrans cmod)

do_GEOM_BOND

public void do_GEOM_BOND(ModuleTrans cmod)

do_GEOM_CONTACT

public void do_GEOM_CONTACT(ModuleTrans cmod)

do_GEOM_HBOND

public void do_GEOM_HBOND(ModuleTrans cmod)

do_GEOM_TORSION

public void do_GEOM_TORSION(ModuleTrans cmod)

do_JOURNAL

public void do_JOURNAL(ModuleTrans cmod,
                       ModuleTrans[] modQual)

do_JOURNAL_INDEX

public void do_JOURNAL_INDEX(ModuleTrans cmod,
                             ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING

public void do_PHASING(ModuleTrans cmod,
                       ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_AVERAGING

public void do_PHASING_AVERAGING(ModuleTrans cmod,
                                 ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_ISOMORPHOUS

public void do_PHASING_ISOMORPHOUS(ModuleTrans cmod,
                                   ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MAD

public void do_PHASING_MAD(ModuleTrans cmod,
                           ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MAD_CLUST

public void do_PHASING_MAD_CLUST(ModuleTrans cmod,
                                 ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MAD_EXPT

public void do_PHASING_MAD_EXPT(ModuleTrans cmod,
                                ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MAD_RATIO

public void do_PHASING_MAD_RATIO(ModuleTrans cmod,
                                 ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MAD_SET

public void do_PHASING_MAD_SET(ModuleTrans cmod,
                               ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MIR

public void do_PHASING_MIR(ModuleTrans cmod,
                           ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MIR_DER

public void do_PHASING_MIR_DER(ModuleTrans cmod,
                               ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MIR_DER_REFLN

public void do_PHASING_MIR_DER_REFLN(ModuleTrans cmod,
                                     ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MIR_DER_SHELL

public void do_PHASING_MIR_DER_SHELL(ModuleTrans cmod,
                                     ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MIR_DER_SITE

public void do_PHASING_MIR_DER_SITE(ModuleTrans cmod,
                                    ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_MIR_SHELL

public void do_PHASING_MIR_SHELL(ModuleTrans cmod,
                                 ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_SET

public void do_PHASING_SET(ModuleTrans cmod,
                           ModuleTrans[] modQual)

do_PHASING_SET_REFLN

public void do_PHASING_SET_REFLN(ModuleTrans cmod,
                                 ModuleTrans[] modQual)

do_PUBL

public void do_PUBL(ModuleTrans cmod,
                    ModuleTrans[] modQual)

do_PUBL_AUTHOR

public void do_PUBL_AUTHOR(ModuleTrans cmod,
                           ModuleTrans[] modQual)

do_PUBL_BODY

public void do_PUBL_BODY(ModuleTrans cmod,
                         ModuleTrans[] modQual)

do_PUBL_MANUSCRIPT_INCL

public void do_PUBL_MANUSCRIPT_INCL(ModuleTrans cmod,
                                    ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE

public void do_REFINE(ModuleTrans cmod,
                      ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE_ANALYZE

public void do_REFINE_ANALYZE(ModuleTrans cmod,
                              ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE_B_ISO

public void do_REFINE_B_ISO(ModuleTrans cmod,
                            ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE_HIST

public void do_REFINE_HIST(ModuleTrans cmod,
                           ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE_LS_RESTR

public void do_REFINE_LS_RESTR(ModuleTrans cmod,
                               ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE_LS_RESTR_NCS

public void do_REFINE_LS_RESTR_NCS(ModuleTrans cmod,
                                   ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE_LS_SHELL

public void do_REFINE_LS_SHELL(ModuleTrans cmod,
                               ModuleTrans[] modQual)

do_REFINE_OCCUPANCY

public void do_REFINE_OCCUPANCY(ModuleTrans cmod,
                                ModuleTrans[] modQual)

do_REFLN

public void do_REFLN(ModuleTrans cmod,
                     ModuleTrans[] modQual)

do_REFLNS

public void do_REFLNS(ModuleTrans cmod,
                      ModuleTrans[] modQual)

do_REFLNS_SCALE

public void do_REFLNS_SCALE(ModuleTrans cmod,
                            ModuleTrans[] modQual)

do_REFLNS_SHELL

public void do_REFLNS_SHELL(ModuleTrans cmod,
                            ModuleTrans[] modQual)

do_SOFTWARE

public void do_SOFTWARE(ModuleTrans cmod,
                        ModuleTrans[] modQual)

do_STRUCT

public void do_STRUCT(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_ASYM

public void do_STRUCT_ASYM(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_BIOL

public void do_STRUCT_BIOL(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_BIOL_GEN

public void do_STRUCT_BIOL_GEN(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_BIOL_KEYWORDS

public void do_STRUCT_BIOL_KEYWORDS(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_BIOL_VIEW

public void do_STRUCT_BIOL_VIEW(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_CONF

public void do_STRUCT_CONF(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_CONF_TYPE

public void do_STRUCT_CONF_TYPE(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_CONN

public void do_STRUCT_CONN(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_CONN_TYPE

public void do_STRUCT_CONN_TYPE(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_KEYWORDS

public void do_STRUCT_KEYWORDS(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_MON_DETAILS

public void do_STRUCT_MON_DETAILS(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_MON_NUCL

public void do_STRUCT_MON_NUCL(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_MON_PROT

public void do_STRUCT_MON_PROT(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_MON_PROT_CIS

public void do_STRUCT_MON_PROT_CIS(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_NCS_DOM

public void do_STRUCT_NCS_DOM(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_NCS_DOM_LIM

public void do_STRUCT_NCS_DOM_LIM(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_NCS_ENS

public void do_STRUCT_NCS_ENS(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_NCS_ENS_GEN

public void do_STRUCT_NCS_ENS_GEN(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_NCS_OPER

public void do_STRUCT_NCS_OPER(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_REF

public void do_STRUCT_REF(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_REF_SEQ

public void do_STRUCT_REF_SEQ(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_REF_SEQ_DIF

public void do_STRUCT_REF_SEQ_DIF(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_SHEET

public void do_STRUCT_SHEET(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_SHEET_HBOND

public void do_STRUCT_SHEET_HBOND(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_SHEET_ORDER

public void do_STRUCT_SHEET_ORDER(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_SHEET_RANGE

public void do_STRUCT_SHEET_RANGE(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_SHEET_TOPOLOGY

public void do_STRUCT_SHEET_TOPOLOGY(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_SITE

public void do_STRUCT_SITE(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_SITE_GEN

public void do_STRUCT_SITE_GEN(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_SITE_KEYWORDS

public void do_STRUCT_SITE_KEYWORDS(ModuleTrans cmod)

do_STRUCT_SITE_VIEW

public void do_STRUCT_SITE_VIEW(ModuleTrans cmod)

do_SYMMETRY

public void do_SYMMETRY(ModuleTrans cmod,
                        ModuleTrans[] modQual)

do_SYMMETRY_EQUIV

public void do_SYMMETRY_EQUIV(ModuleTrans cmod,
                              ModuleTrans[] modQual)